Nhà sử học Gonzalo Fernández de Oviedo y Valdés đã viết trong cuốn sách Historia General y Natural de las Indias, Islas y Tierra Firme del Mar Océano (Seville, 1535) về việc nhà hàng hải Juan de Cabezas phát hiện ra hòn đảo vào năm 1526.[8] Tài liệu đầu tiên nói về hòn đảo có tên "Isle de Coques" là một bản đồ được vẽ trên giấy giả da được cho là của Henri II xuất hiện vào năm 1542 dưới thời vua François I của Pháp. Bình đồ địa cầu của Nicolas Desliens (1556, Dieppe) nói về vị trí của Ysle de Coques nằm ở 1 độ 30 phút nửa phía bắc của Xích đạo.

Grand Atlas của Willem Blaeu được xuất bản năm 1662 có một bản đồ màu thế giới ở mặt sau bìa trước cho thấy I. de Cocos nằm ngày trên đường xích đạo và trong Atlas, 1680 của Frederik De Witt cũng biểu hiện vị trí tương tự. Bản đồ năm 1590 của Hondius cho thấy I. de Cocos ở 2 độ 30 phút vĩ độ bắc trong khi năm 1596 Theodor de Bry cho thấy vị trí của Quần đảo Galápagos nằm gần 6 độ bắc của đường xích đạo. Emanuel Bowen trong A Complete system of Geography, tập II (London, 1747: 586) tuyên bố rằng Galápagos trải dài trên 5 độ bắc.

Đảo Cocos trở thành một phần lãnh thổ của Costa Rica vào năm 1832 theo nghị định số 54 của Quốc hội lập hiến của Nhà nước tự do Costa Rica. Những tàu săn bắn cá voi thường xuyên dừng lại ở đảo Cocos cho đến giữa thế kỷ 19, khi dầu hỏa giá rẻ bắt đầu dần thay thế dầu cá voi sử dụng cho chiếu sáng. Vào tháng 10 năm 1863, con tàu Adelante đã bỏ lại 426 nô lệ Tonga trên đảo khi phát hiện họ có dấu hiện của bệnh đậu mùa. Và chỉ còn 38 nô lệ còn sống khi tàu Tumbes đến giải cứu họ hơn một tháng sau đó, vì những người còn lại đã chết vì bệnh đậu mùa.

Năm 1897, Chính phủ Costa Rica đã chỉ định nhà thám hiểm August Gissler là thống đốc đảo và cho phép ông thành lâp một thuộc địa tại đó. Vào ngày 12 tháng 5 năm 1970, hòn đảo hợp nhất trở thành một huyện của tỉnh Puntarenas. Hòn đảo hiện nay có tổng cộng 33 cư dân và tất cả đều là kiểm lâm của vườn quốc gia đảo. Họ lần đầu được phép bỏ phiếu trong cuộc bầu cử ngày 5 tháng 2 năm 2006 của Costa Rica.